Na fibrose cística, quando a capacidade pulmonar do paciente estiver abaixo de 25%, houver outros fatores (como a saturação de oxigênio no sangue, hemoptise - expectoração de sangue através da tosse -, desconforto para realizar atividades diárias como tomar banho, trocar de roupa e caminhar) afetando a vida, ou quando o pulmão apresenta um número elevado de bronquiectasias - alterações no formato dos brônquios pulmonares -, o transplante pulmonar bilateral pode ser indicado como alternativa. 

Começa então mais uma batalha nesse caso: a do transplante de órgãos. As diretrizes e especificações para a indicação do transplante pulmonar afirmam que “[...] todo o paciente de 65 anos ou menos, portador de uma pneumopatia terminal não neoplásica, com condição ambulatorial preservada, sem outras comorbidades, com perfil psicossocial adequado, e sem outras alternativas terapêuticas, seria considerado candidato potencial ao transplante”.

No Brasil, a cirurgia de transplante pulmonar é feita no Hospital de Messejana, em Fortaleza(CE); na Sociedade Hospitalar Angelina Caron, em Campina Grande do Sul (PR); no Hospital de Clínicas de Porto Alegre e na Santa Casa de Misericórdia de Porto Alegre, ambos no Rio Grande do Sul;  FAMERP-FUNFARME-Hospital Base São José do Rio Preto (SP); Hospital Israelita Albert Einstein, São Paulo (SP) e no Instituto do Coração, também em São Paulo (SP). 

Em Santa Catarina não há nenhum hospital ou centro de tratamento credenciado para a realização de transplante pulmonar. É necessário sair do Estado para entrar na lista de espera e realizar a operação.

Com os avanços das técnicas cirúrgicas e dos medicamentos disponíveis para os pacientes pós transplante, a média de sobrevida dos transplantados pulmonares, depois de cinco anos, é de 60% para o enxerto e para o paciente. Segundo levantamento feito pela Associação Brasileira de Transplante de Órgãos(ABTO), as taxas de transplante pulmonar diminuíram mais do que a queda na taxa de doadores efetivos, revelando menor aproveitamento dos órgãos. Também de acordo com a ABTO, entre 1997 e julho 2015 foram realizados 890 transplantes de pulmão, 22,5% dos quais  realizados pelo Sistema Único de Saúde - o SUS - de forma gratuita. 

Entre o ano de 2017 e março deste ano foram realizados 368 transplantes de pulmão em todo o território nacional. O número de transplantes desse tipo caiu 12,3% entre 2018 e 2019, quando passaram de 121 transplantes para 106.

Até março de 2020 foram realizados 29 procedimentos. Devido à ocupação da rede hospitalar com os casos de Covid-19, é esperada uma redução no número de cirurgias. Atualmente, 224 brasileiros aguardam pelo transplante de pulmão, segundo dados do Ministério da Saúde.